میکروکنترلر های FPGA با سرعت پردازش در حد چندصد مگا هرتز و ظرفیت گیت های بسیار بالا، نقش مهمی در علم الکترونیک و کنترل ایفا می کنند. این میکروکنترلرها در سیستم های فضایی, موشک ها, انواع ادوات نظامی, پردازش تصویر و دیگر علوم کاربردهای زیادی دارند.